Las principales diferencias radican en su estructura alotrópica y estabilidad térmica: fósforo amarillo (blanco) ($P_4$): altamente reactivo, pirofórico (se enciende espontáneamente en el aire a ~$34^\ circ\ text {C} $), extremadamente tóxico y debe almacenarse bajo el agua. Sirve principalmente como un intermediario químico previo para fabricar ácido fosfórico, tricloruro de fósforo ($\ text {PCl} _3$) y pentasulfuro. Fósforo rojo: forma de red polimérica amorfa que no es pirofórica, es mucho menos tóxica y es estable a temperatura ambiente. Se inflama alrededor de 240^\ circ\ text {C} $ y se utiliza directamente como un eficaz retardante de llama sin halógenos en plásticos de ingeniería (como las poliamidas o PA66) y en cajas eléctricas.